索引を作成していて、ページ上に1-1　1-2　1-3となっている。ページ番号を数字だけにしたいのですが、どうすればよいでしょうか。

索引・目次パレットの設定メニュー：セクションでセクションチェックボックスを外しておけば、ドキュメントの番号を表示せずに索引を作成する事ができます。

索引の言葉を変更させることはできますか?

残念ながらできません。

マーキング後「索引作成」すると新たにドキュメントができますが、このドキュメントにマーキングの元になっているドキュメントのマスターページを適用させることはできますか？

サムネールでマスタページを持ってくる事はできますが、自動的にタブの設定まではできません。

索引作成時、「自動ならびかえ」で、「よみ」をいれて、よみに対して50音順に並びかえをしたいのですが。

この製品は、数字／欧文／ひらがな／カタカナ／漢字というJISコードの順番でソートされるので、そのように並びかわります。

縦書きのテキストにマーキング出来ないのですが。

縦組みの場合、実際マーキングされていても画面上確認することができません。

索引作成後ルビをとる事はできますか？

現在のバージョンでは、ルビ文字は、索引作成後1つ1つ選択してとっていくしかありません。

ページの番号を自動的に振ってくれる機能はありますか？

残念ながらありません。この製品は、ドキュメント上にマーキングした箇所から索引や目次を作成するソフトです。